La historia de Chota se remonta a la época Pre Incaica, e Incaica. Fue parte del Reino Caxamarca y posiblemente fue una zona densamente poblada, así lo evidencian los restos arqueológicos ubicados a lo largo de este territorio.

Antiguamente fue ocupada por diversas culturas, como la de Los Huambos en occidente y Cusimango en el oriente, recibiendo una fuerte influencia de las culturas Chavín, Wari y Mochica de las cuales quedan vestigios de mucha importancia como Pacopampa, Rejopampa y Negropampa entre otros. El territorio de la actual provincia fue incorporado al Imperio Incaico por Túpac Yupanqui a mediados del siglo XV, y es así como lo encuentran los españoles.

En 1777 perteneció al Corregimiento de los Huambos.

Fundación Española

Chota fue fundada el 1° de noviembre de 1552 por el Padre Juan Ramírez de Taboada con el nombre de "Todos los Santos de Chota" ya que antiguamente se acostumbraba emplear el topónimo y nombre antiguo de un Santo escogido como patrón, por eso la primera parte corresponde a la fecha y la segunda parte a Chot o Chota, nombre del antiguo centro poblado, situado a 4 o 5 leguas en el sitio llamado hoy Coyunde.

Documento de la Fundación

"Yo Juan Ramírez, misionero agustino en esta provincia de los Huambos, en el año de nuestra Redención de mil y quinientos y cincuentidos, en nombre de nuestro Santísimo Padre Julio III y del reinado de nuestro amadísimo Monarca Carlos I, fundo, en la meseta de Acunta, el pueblo de Todos los Santos de Chota, sobre esta colina rodeada de tres ríos y con horizonte tan ampli, que permite la repartición de tierras. La divido en cuatro partes: para los Julón, Consanchilón, Tantallatas y Acunta. Y como es uso y costumbre en nuestra Religión, hago la primera misa y firmo en primero de noviembre de mil y quinientos y cincuenta y dos. -Amén.- (firma) Juan Ramírez".

La Proclamación de la Independencia de Chota, se realizó el 12 de enero de 1821, por el Alcalde Sr. Inocencio Consanchillón.

El 6 de febrero de 1821, recibe la denominación de Provincia, según el señor Horacio Villanueva en el estatuto provisional dado por Don José de San Martín durante el Protectorado.

El 29 de Agosto de 1882, la ciudad de Chota fue incendiada por las tropas chilenas en represalia por la derrota que sufrieron en San Pablo y al considerarla como el cuartel del norte.

El comercio, el arrieraje entre otras actividades cobraron mayor importancia con la llegada de la carretera de Chiclayo en 1950 y su conexión posterior con Cajamarca.